Estudio Genómico de Salmonella ser. Enteritidis de Granjas Avícolas en Argentina: Epidemiología y Resistencia Antimicrobiana en Veinte Cepas

Resumen

El creciente problema de la resistencia antimicrobiana en patógenos transmitidos a través de la cadena alimentaria representa una amenaza significativa para la salud pública a nivel mundial. Salmonella ser. Enteritidis (SE) sigue siendo una causa predominante de enfermedades transmitidas por alimentos. Esta investigación tiene como objetivo dilucidar los perfiles genéticos y de resistencia antimicrobiana de cepas de SE aisladas de granjas avícolas argentinas. Este estudio utilizó la secuenciación del genoma completo para evaluar la diversidad genética y los patrones de resistencia de 20 cepas de SE recolectadas de granjas avícolas en Entre Ríos, Argentina, entre enero de 2020 y febrero de 2021. Se utilizaron ensayos fenotípicos para detectar la resistencia a 50 antibióticos de 14 clases antimicrobianas. Los genes y mutaciones relacionados con la resistencia antimicrobiana se identificaron tanto en plásmidos como en cromosomas de las cepas. Todas las cepas investigadas mostraron resistencia a la nitrofurantoína, y un alto porcentaje mostró resistencia o sensibilidad intermedia a las fluoroquinolonas. El análisis genómico mostró la presencia de genes de resistencia asociados con aminoglucósidos, betalactámicos y quinolonas. El estudio clasificó claramente las cepas en aquellas aisladas de pollos de engorde y gallinas ponedoras, destacando una compleja interacción de resistencia y diversidad dentro de la industria avícola. Esto muestra la resistencia antimicrobiana dentro de patógenos transmitidos por alimentos como SE y la importancia de sistemas de vigilancia continuos para rastrear la evolución y propagación de la resistencia. Los conocimientos genómicos de este estudio no solo mejoran la comprensión de los mecanismos de resistencia, sino que también facilitan el seguimiento de la dinámica de transmisión de SE, lo cual es crucial para desarrollar intervenciones específicas.

Palabras Clave:

• Resistencia antimicrobiana

• Argentina

• Enfermedad transmitida por alimentos

• Patógenos

• Salmonella Enteritidis

• Secuenciación del genoma completo

  
  

Abreviaturas:

• AMN, Aminoglucósidos;

• AMR, Resistencia Antimicrobiana;

• BLC, Combinaciones de betalactámicos;

• CEP, Cefemas;

• CIP, Ciprofloxacina;

• ESBL, Betalactamasas de espectro extendido;

• XDR, Extensivamente resistente a los fármacos;

• FQ, Fluoroquinolonas;

• GDR, Determinantes Genéticos de Resistencia;

• IncF, Grupo F de incompatibilidad;

• MON, Monobactámicos;

• MDR, Multirresistente a los fármacos;

• NIT, Nitrofurantoínas;

• NTS, Salmonella enterica no tifoidea;

• PEN, Penicilinas;

• PHE, Fenicoles;

• PMLST, Tipificación de secuencia multilocus de plásmidos;

• QNL, Quinolonas;

• SE, Salmonella enterica serovar Enteritidis;

• ST, Tipo de secuencia;

• SNP, Polimorfismo de un solo nucleótido;

• SUL, Sulfonamidas;

• TET, Tetraciclinas;

• WGS, Secuenciación del genoma completo.

  
  

1. Introducción

La industria avícola es el subsector agrícola de más rápido crecimiento, especialmente en los países en desarrollo. El crecimiento de la población y la urbanización, entre otros factores, contribuyen a la expansión de este sector. Además, uno de los principales desafíos de esta industria es la presencia de Salmonella no tifoidea resistente a los antimicrobianos en la producción avícola y su papel en la salmonelosis humana.

Las crecientes tasas de resistencia a los agentes anti-Salmonella tradicionales, como la ampicilina, el cloranfenicol y el trimetoprim-sulfametoxazol, han convertido el tratamiento de la salmonelosis invasiva en un dilema clínico. La aparición de resistencia a las fluoroquinolonas (FQ) entre las Salmonella no tifoideas es de particular preocupación ya que esta clase de agentes antimicrobianos constituye el fármaco de elección para tratar infecciones por Salmonella potencialmente mortales causadas por cepas multirresistentes. Por lo tanto, la Organización Mundial de la Salud (OMS) incluyó la Salmonella resistente a las fluoroquinolonas en la categoría de alta prioridad en su lista de "patógenos prioritarios" resistentes a los antibióticos.

Uno de los serovares más frecuentes de Salmonella en humanos es Salmonella enterica serovar Enteritidis (SE). Las infecciones avícolas por SE se caracterizan comúnmente por la colonización asintomática (aunque a veces persistente) del tracto intestinal y los órganos internos, lo que puede conducir a la contaminación de los huevos y las canales. Sin embargo, las aves jóvenes muy susceptibles expuestas a condiciones estresantes pueden mostrar síntomas agudos cuando se infectan con SE. Este serovar también produce importantes pérdidas económicas para los productores de aves de corral y huevos. Se ha planteado la hipótesis de que la propagación global de este serovar en aves de corral se explica por la diseminación a través de la adquisición centralizada y el comercio internacional de material genético.

Argentina es el octavo productor y exportador de carne de ave en el mundo con 2294 millones de toneladas en 2021. Además, se produjeron 14 mil millones de huevos en este país en 2021 con un consumo local total de 298 huevos per cápita por año. Más del 80% de la industria avícola en Argentina se encuentra en las provincias de Buenos Aires y Entre Ríos.

Diferentes estudios han vinculado la SE con la producción avícola en Argentina y el Servicio Nacional de Sanidad y Calidad Agroalimentaria incluye su control en el Plan de Sanidad Avícola Argentino. Bueno y Soria revisaron la presencia de esta bacteria en aves de corral de Argentina e informaron que es más común encontrar este serovar en estudios de monitoreo que en brotes aviares, ya que la SE rara vez produce síntomas en las aves de corral.

Se ha publicado una descripción epidemiológica de la SE, que proporciona información importante sobre la dinámica de este patógeno en la industria alimentaria. Además, se han publicado diferentes estudios genómicos con este serovar. Sin embargo, hasta ahora no se ha realizado ninguna descripción genómica de la SE aislada de granjas avícolas en Argentina. Por lo tanto, este estudio tuvo como objetivo describir la diversidad genética y la resistencia antimicrobiana de la SE aislada en granjas avícolas de Argentina utilizando el enfoque de secuenciación del genoma completo (WGS) y la caracterización fenotípica de la resistencia antimicrobiana.

2. Materiales y métodos

2.1. Cepas bacterianas

Veinte cepas de SE, aisladas de granjas avícolas en diferentes condados (Colón, Gualeguaychú, Paraná, San Salvador y Uruguay) de la provincia de Entre Ríos, Argentina, entre enero de 2020 y febrero de 2021, se utilizaron en este estudio (Tabla 1S). Dieciséis aislados de SE, recuperados de hisopos de cama de pollo de engorde, pertenecían a la misma compañía avícola. Una y tres cepas se aislaron del polvo ambiental (casa del sistema de jaulas de batería automático) y gallinas ponedoras (heces e hisopos cloacales), respectivamente. Las cepas se aislaron siguiendo el manual operativo del Plan de Sanidad Avícola de Argentina (SENASA, 2018a,b).

2.2. Prueba de susceptibilidad a antibióticos

Se probó la susceptibilidad a 50 antibióticos pertenecientes a 14 clases antimicrobianas (Tabla 2S) significativas para la atención médica y la medicina veterinaria. La selección de antibióticos para estos ensayos se realizó en función de aquellos que se utilizan comúnmente en animales y humanos. La prueba de susceptibilidad a los antibióticos se realizó mediante el método estándar de difusión en disco utilizando agar Mueller-Hinton (Difco, Sparks, EE. UU.) y los resultados se expresaron en términos de resistencia (R), intermedio (I) o susceptible (S). La interpretación de la susceptibilidad a la tigeciclina se realizó de acuerdo con los manuales de referencia (ANLIS, 2021). Para todos los demás antibióticos, excepto la colistina, se utilizaron los criterios del Instituto de Estándares Clínicos y de Laboratorio (CLSI, 2020, 2022). Se utilizó la prueba de elución en caldo de microdilución de colistina para la determinación de la susceptibilidad a la colistina, de acuerdo con el Laboratorio Nacional de Referencia Argentino (Instituto Malbrán, 2020), que es una adaptación de la prueba de elución en disco de colistina CLSI, porque CLSI no tenía un método estándar de difusión en disco aprobado para este antibiótico. Un aislado se clasificó como multirresistente a los medicamentos (MDR) si resultó no sensible (intermedio + resistente) a al menos un agente en tres o más categorías antimicrobianas. Las bacterias extensivamente resistentes a los medicamentos (XDR) se definieron como no susceptibles a al menos un agente en todas menos una o dos categorías antimicrobianas. Solo se consideró la resistencia antimicrobiana adquirida al crear definiciones para MDR y XDR; la resistencia intrínseca (natural) no se abordó. Además, cuando una cepa era resistente a un antibiótico de una clase antimicrobiana, se consideraba resistente a esta clase para comparaciones con los patrones de resistencia a antibióticos derivados del genoma de aislados de SE.

Las posibles cepas productoras de betalactamasas de espectro extendido (ESBL) se examinaron utilizando el método de difusión en disco de combinación. Se utilizaron los discos de cefalosporina de tercera generación ceftazidima (30 µg), cefotaxima (30 µg) y cefpodoxima (10 µg) como se explicó anteriormente. Todos los aislados que mostraron susceptibilidad reducida a al menos una de las cefalosporinas se utilizaron para confirmar la producción de ESBL mediante el uso de un método de difusión en disco de combinación con ceftazidima (30 µg) y cefotaxima (30 µg) solos y en combinación con ácido clavulánico (10 µg). Una prueba de confirmación fenotípica se definió como una diferencia en el diámetro de la zona de ≥ 5 mm entre cualquier combinación de cefalosporina de tercera generación y ácido clavulánico y la cefalosporina de tercera generación correspondiente tomada sola (CLSI, 2022).

2.3. Extracción de ADN, secuenciación del genoma completo y análisis bioinformático

Estos procedimientos se realizaron de acuerdo con Medina-Santana et al. (2022). Además, los ensamblajes se compararon con secuencias de Salmonella de origen animal y humano disponibles en EnteroBase y los Institutos Nacionales de Salud (NIH) (NCBI, 2023). Se accedió por última vez a todas las bases de datos el 21/07/2022.

Se investigó la resistencia a la nitrofurantoína buscando mutaciones en los genes nfsA y nfsB (enzimas nitroreductasas insensibles al oxígeno). Estas mutaciones se identificaron utilizando la herramienta de mapeo a referencia en el software Geneious prime (V. 2022.1.1). Se utilizó el número de acceso NC_003197 de S. enterica como referencia. Todas las secuencias que poseían mutaciones se tradujeron in silico y se alinearon con las secuencias de proteínas de referencia para visualizar las mutaciones sin sentido. La predicción de contigs de plásmidos se realizó mediante Platon v.1.6. Los plásmidos se ensamblaron utilizando la herramienta de mapeo a referencia de Geneious Prime 2022.1.1. y NCBI-BLAST. La tipificación de plásmidos por grupos de incompatibilidad (grupos Inc) se realizó mediante la base de datos PlasmidFinder y el software ABRicate. Adicionalmente, la subtipificación de plásmidos reconocidos se realizó mediante el software PMLST v2.0. Se utilizaron la fórmula de unión a antígeno de fragmento (fórmula FAB) y la tipificación de secuencia multilocus de plásmidos (PMLST) para la tipificación de plásmidos IncF y Incl1 respectivamente. Todos los números de acceso de secuencia están disponibles en el BioProject PRJNA377900. Esta información se puede encontrar en la Tabla 3S.

3. Resultados

3.1. Resistencia antimicrobiana fenotípica

Todas las cepas fueron susceptibles a ceftazidima-avibactam, cefoxitina, doripenem, ertapenem, imipenem, meropenem, estreptomicina, amikacina, tobramicina, gentamicina, netilmicina, trimetoprima-sulfametoxazol, fosfomicina, fosfomicina-tilósido, azitromicina, cloranfenicol, norfloxacina, levofloxacina, tetraciclina, doxiciclina, minociclina y colistina. La no susceptibilidad de veinte aislados de SE a los antibióticos probados se describe en la Tabla 1. Todos los aislados fueron resistentes a la nitrofurantoína. Se encontró que el 90% (18/20) de las cepas eran resistentes o intermedias a una o más fluoroquinolonas. El cincuenta por ciento (10/20) de las cepas fueron resistentes a sulfonamidas y ácido nalidíxico. Por lo tanto, las tasas de no susceptibilidad de los aislados de SE a las clases de antibióticos probadas fueron 100% (20/20), 90% (18/20), 50% (10/20), 45% (9/20), 45% (9/20), 5% (1/20) y 5% (1/20) para nitroheterocíclicos, quinolonas, antagonistas de las vías del folato, betalactámicos, tetraciclinas, fenicoles y aminoglucósidos, respectivamente.

En total, se encontraron 18 patrones de resistencia a ocho clases antimicrobianas (Tabla 2). La mayoría de los patrones de resistencia identificados en nuestro trabajo fueron nitrofurantoínas-quinolonas (5 cepas). Las cepas mostraron resistencia a antibióticos de 2 a 19 agentes antimicrobianos (Tabla 4S). Catorce cepas (70%) fueron MDR, pero ninguna de ellas fue XDR. La cepa que mostró resistencia a la mayoría de los antibióticos fue Argen08, lo que se confirmó como productor de ESBL.

3.2. Resistencia genotípica y diversidad de plásmidos

Se identificaron determinantes genéticos de resistencia a aminoglucósidos, betalactámicos, quinolonas y nitrofuranes (Fig. 1). El gen cromosómico de resistencia a aminoglucósidos aac(6')-Ia y el SNP cromosómico de nitrofuranes nfsA (p.Q180*) estaban presentes en todas las cepas. Once cepas tenían determinantes genéticos de resistencia a quinolonas (mutación gyrA o gen qnrB19). La cepa Argen08 fue la única que presentó betalactamasa (blacTX-M-14) y resistencia a aminoglucósidos (aph(3')-IIa_2) genes. Además, esta cepa fue fenotípicamente resistente a la kanamicina.

De la misma manera, los genes golS y golT para la resistencia a oro/cobre también estaban presentes en todas las cepas estudiadas. Solo los genes aph(3')-Ia, blacTX-M-14 y qnrB19 para aminoglucósido, betalactamasa y resistencia a quinolonas, respectivamente, estaban vinculados a plásmidos. Hubo 10 plásmidos. Dos de estos (HG970000 y KU932028) formaban parte del grupo IncF. Dos plásmidos no pudieron ser identificados en GeneBank pero su conteo presentó estructuras clásicas de plásmidos. El plásmido perteneciente al grupo Inc IncI1 albergaba el gen de resistencia blacTX-M-14. En particular, no se pudo establecer la identidad del plásmido de las dos cepas (Tabla 3). El plásmido con número de acceso HG970000 (PSEN) fue el más común (presente en 16 aislados), albergando los genes de virulencia rck (resistencia a la matanza del complemento), los operones pefA-D (fimbrias codificadas por plásmido) y el operón spvC.B.R (sistema de secreción de tipo III). Los otros genes de virulencia (entre 90 y 94) se encontraron en el cromosoma (Tabla 3S).

3.3. Perfiles genotípicos de aislados de Salmonella

Todas las cepas de SE en este estudio pertenecían al tipo de secuencia (ST) 11. El análisis del árbol SNP mostró varios grupos de cepas con una clara diferenciación entre orígenes de pollos de engorde y gallinas ponedoras (Fig. 2). Además, las cepas de Salmonella aisladas de diferentes fuentes en el componente de "gallinas ponedoras" no se agruparon.

No pudimos encontrar ninguna relación entre las cepas de este estudio y los genomas de SE de aves de corral, ganado y animales salvajes de Argentina, Chile, Paraguay, Uruguay, Brasil y Bolivia (Figuras suplementarias 1 y 2). Sin embargo, varias cepas mostraron estar altamente relacionadas (menos de 12 SNPs) con aislados clínicos originarios de los EE. UU. y el Reino Unido (Biomuestras: PNUSAS333652, PNUSAS332417, PDT001128849.1) (Fig. 2).

4. Discusión

Este estudio describió la diversidad genética y la resistencia antimicrobiana de la SE aislada en granjas avícolas de Argentina utilizando un enfoque de secuenciación del genoma completo y caracterización fenotípica. A pesar del pequeño número de aislados, el estudio de la resistencia antimicrobiana contra 50 agentes antimicrobianos diferentes permitió una comparación integral entre la resistencia fenotípica y los determinantes genéticos de resistencia.

Un trabajo previo evaluó la predicción de la resistencia fenotípica en cepas de Salmonella enterica no tifoidea (NTS) a partir de perfiles genotípicos derivados de WGS. Descubrieron que era adecuado para determinar rápidamente los patrones de Resistencia Antimicrobiana (AMR) de NTS para la vigilancia de la salud pública. Las cepas de SE utilizadas en nuestro trabajo fueron fenotípicamente resistentes a nitrofuranes, quinolonas, sulfonamidas, tetraciclinas, combinaciones de betalactámicos, cefemas, penicilinas, monobactamas, aminoglucósidos y fenicoles.

Al mismo tiempo, los determinantes genéticos de resistencia solo se identificaron para nitrofuranes, aminoglucósidos, betalactámicos y quinolonas. Por lo tanto, la predicción para reemplazar de manera fiable las pruebas de susceptibilidad fenotípica para el monitoreo rápido de las tendencias emergentes en los patrones de AMR para las cepas de SE y para estudiar la propagación de genes de AMR en esta población de patógenos dependió de las clases de antimicrobianos estudiados. Esto se puede explicar ya que hay factores complejos que pueden expresar resistencia que no se explican solo por la presencia de genes.

A pesar de la prohibición de este antibiótico en Argentina desde 1995 en productos alimenticios y medicinales destinados a la alimentación animal, todos los aislados examinados en nuestro estudio exhibieron resistencia a la nitrofurantoína, como se confirmó a través de análisis tanto fenotípicos como genómicos, y la resistencia se atribuyó a factores cromosómicos. El SNP cromosómico de nitrofuranes nfsA (p.Q180 *) estuvo presente en todas las cepas que estudiamos. Por lo tanto, estos niveles de resistencia se relacionaron directamente con la presencia de mutaciones (sin mecanismos transferibles) en el gen nfsA, como informaron diferentes autores.

El principal mecanismo de resistencia de las bacterias a los aminoglucósidos está relacionado con la expresión de enzimas modificadoras de aminoglucósidos que disminuyen la afinidad entre los aminoglucósidos y los ribosomas bacterianos. Estas enzimas se clasifican en tres grupos principales, según el tipo de reacción que catalizan: acetiltransferasas, codificadas por los genes aac, fosfotransferasas codificadas por genes aph y nucleotidiltransferasas codificadas por genes aadA. En nuestro caso, el gen cromosómico de resistencia a aminoglucósidos aac(6')-Ia estaba presente en todas las cepas. Adicionalmente, una cepa (Argen08) albergaba el gen aph (3')-IIa y también presentaba resistencia fenotípica a la kanamicina.

Basados en los resultados de las pruebas de susceptibilidad de ácido nalidíxico y ciprofloxacino (CIP), la resistencia a las quinolonas se puede clasificar en tres niveles: resistente a CIP (resistente a ambos fármacos), susceptibilidad reducida a CIP (resistente a ácido nalidíxico e intermedio a CIP) y susceptible a ambos fármacos. Tuvimos los tres niveles en nuestro estudio: de 20 cepas de SE, 2, 8 y 5 cepas fueron resistentes a CIP, susceptibilidad reducida a CIP y susceptibles a ambos fármacos, respectivamente. Acerca de la resistencia a CIP, no estuvo presente junto con la combinación de resistencia a β-lactámicos y producción de ESBL en cepas de SE. Esta tendencia se observó en otros serotipos de Salmonella que no son Enteritidis, aunque existen informes de que la resistencia a CIP suele existir junto con la resistencia a β-lactámicos y la producción de ESBL.

Dieciocho cepas (90%) fueron resistentes o intermedias a uno o más antibióticos de la clase de las quinolonas mediante el estudio fenotípico, pero solo 11 cepas (55%) tenían determinantes genéticos de resistencia a esta clase. Encontramos mutación gyrA o gen qnrB19, que pertenecían a mutaciones cromosómicas en genes de codificación y gen de resistencia a quinolonas mediado por plásmido, respectivamente.

Estos dos mecanismos se han descrito como responsables de conferir resistencia a quinolonas. Como informaron Song et al., las mutaciones gyrA se encontraron a menudo en aislados susceptibles a CIP reducidos y no necesariamente se encontraron en todos los aislados resistentes a CIP.

Los β-lactámicos (penicilinas, cefalosporinas, carbapenémicos y β-lactámicos monocíclicos) son la clase de antibióticos más utilizada y las penicilinas y cefalosporinas son los dos tipos principales de betalactámicos utilizados en la producción avícola. Aunque cuatro cepas (45%) fueron fenotípicamente resistentes a uno o más antibióticos de esta clase, solo una cepa mostró resistencia tanto fenotípica como genotípica (gen blacTX-M-14) en nuestro estudio. Diferentes estudios han informado del gen blacTX-M-14 en cepas de SE de origen humano o de pollo. La aparición observada de estas propiedades fenotípicas destaca la necesidad de una vigilancia antimicrobiana continua a nivel animal.

Como la plasticidad genética generalmente se expresa en plásmidos, esta investigación utilizó un enfoque basado en los grupos Inc y la tipificación de secuencia multilocus de plásmidos (PMLST) para comprender la dinámica epidemiológica de los plásmidos de Salmonella. Por lo tanto, la mayoría de los plásmidos tenían los replicons IncFIB(S) e IncFII(S) pertenecientes al grupo Inc F (IncF). Este grupo Inc presentó dos PMLST diferentes donde [S1: A-: B22] (plásmido pSEN) era el más habitual. Este PMLST se ha informado en diferentes muestras y orígenes en Europa y Asia.

Nuestros hallazgos fueron similares a los estudios que no pudieron establecer una asociación directa entre los plásmidos que contienen esta fórmula FAB especificada y los genes de resistencia antimicrobiana en Salmonella u otros géneros bacterianos. Sin embargo, este plásmido (pSEN con número de acceso HG970000) albergaba genes de virulencia como rck (resistencia a la matanza del complemento), operones pefA-D (fimbrias codificadas por plásmidos) y el operón spvC.B.R (sistema de secreción de tipo III), que están implicados en evadir las respuestas inmunitarias innatas del huésped, así como la adhesión y la invasión de las células del huésped. En consecuencia, la presencia de este plásmido puede desempeñar un papel importante en la patogenicidad de estas bacterias.

Por otro lado, uno de los aislados tenía un plásmido con el replicón IncI1-I(Alpha) perteneciente al Grupo IncIl. Este plásmido con el PMLST 19, albergaba los genes aph(3')-Ia y blacTX-M-14 que podrían participar activamente en la resistencia a los aminoglucósidos y β-lactámicos, respectivamente. Aunque no pudimos encontrar informes anteriores de este PMLST, los plásmidos del Grupo IncIl se han informado ampliamente en otros países sudamericanos asociados con genes AMR de Salmonella de diferentes orígenes y otras bacterias. Además, este Grupo Inc, asociado con el gen blacTX-M-14, fue descrito en casos humanos en Uruguay y Argentina. Por lo tanto, la presencia del plásmido del Grupo IncIl debería integrarse en la vigilancia de bacterias resistentes a los medicamentos. Además, este estudio representa el primer informe de PMLST 19 en Argentina, lo que puede ayudar en futuras investigaciones epidemiológicas. Además, el gen de resistencia a quinolonas qnrB19 se identificó en contigs con la estructura del plásmido de varios aislados. Sin embargo, no fue posible determinar los grupos Inc o pMLST. Estos hallazgos podrían sugerir la existencia de nuevos marcadores de plásmidos genéticos, pero se necesitan más estudios para corroborar esta hipótesis.

Todas las cepas en este estudio pertenecían al ST11. Sin embargo, el análisis del árbol SNP mostró varios grupos de cepas con una clara diferenciación entre orígenes de pollos de engorde y gallinas ponedoras (Fig. 2). Este hecho indica que las cepas de este estudio están relacionadas con cada sector avícola. Además, las cepas de gallinas ponedoras mostraron un clado limitado a los condados de Paraná, mientras que las cepas de origen de pollos de engorde mostraron clados con cepas que se originan en diferentes condados. Esto podría mostrar la existencia de genotipos de SE estrechamente relacionados con áreas o compañías avícolas específicas como se describió anteriormente. Sin embargo, un análisis más profundo de los metadatos y la inclusión de más cepas es necesario para comprender mejor esta suposición.

Aunque fue imposible relacionar estas cepas con otras de diferentes fuentes en Argentina, algunas cepas examinadas en este estudio demostraron una estrecha relación con aislados clínicos de los EE. UU. y el Reino Unido (Fig. 2). Aunque esta observación debe estudiarse más a fondo para concluir la atribución del caso, demuestra el poder de WGS al estudiar eventos epidemiológicos. Además, se deben incluir más cepas en el análisis para desarrollar hipótesis más amplias.

Hasta donde sabemos, esta investigación representa la primera investigación de la diversidad genética de SE en granjas avícolas comerciales en Argentina. Los aislados de SE tienen altos niveles de determinantes genéticos de resistencia a aminoglucósidos y nitroheterocíclicos, a pesar de que contienen una variedad de determinantes genéticos de resistencia.

Declaración de contribución de autoría CRediT

• Deiulio Gregory: Validación, análisis formal.

• Sauders Brian: Validación, análisis formal.

• Medina-Santana José Luis: Escritura – borrador original, Validación, Metodología, Análisis formal, Curación de datos.

• Dickey Alyssa Wiedenmayer: Validación, análisis formal.

• Vinueza-Burgos Christian: Escritura – borrador original, Validación, Recursos, Metodología, Adquisición de fondos, Análisis formal, Curación de datos, Conceptualización.

• Hoffmann Teresa Magalí: Metodología, Investigación, Análisis formal.

• Bueno Dante Javier: Escritura – borrador original, Validación, Recursos, Metodología, Análisis formal, Conceptualización.

• Soria Mario Alberto: Metodología, Investigación, Análisis formal.

• Ishida María: Validación, Análisis formal.

• Huberman Yosef Daniel: Escritura – revisión y edición, Recursos, Adquisición de fondos, Conceptualización.

  
  

Declaración de conflicto de intereses

Los autores declaran que no tienen conocimiento de intereses financieros en competencia ni relaciones personales que puedan haber parecido influir en el trabajo informado en este documento.

Agradecimientos

Este trabajo fue apoyado por el Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA PD114 y PD115) y la Administración de Alimentos y Medicamentos de los EE. UU. del Departamento de Salud y Servicios Humanos de los EE. UU. (5U19FD007122).

Los contenidos son los de los autores y no representan necesariamente los puntos de vista oficiales ni un respaldo de la FDA/HHS o el gobierno de los EE. UU.

Todos los autores declaran que no hay conflictos de intereses.

Apéndice A. Información complementaria

Los datos complementarios asociados con este artículo se pueden encontrar en la versión en línea en doi:10.1016/j.vetmic.2025.110488.